O Conselho Pedagógico é o órgão de coordenação e supervisão pedagógica e orientação educativa da escola, nomeadamente nos domínios pedagógico-didático, da orientação e acompanhamento dos alunos e da formação inicial e contínua do pessoal docente e não docente.

O Conselho Pedagógico é constituído por dezassete membros, a saber:

a) A Diretora, que preside:

• Drª Isabel Amoroso

b) Quatro Coordenadores dos Departamentos Curriculares:

• Dr.ª Alda Cardoso

• Dr.ª Maria do Céu Correia

• Dr.ª Jacqueline Teixeira

• Dr.ª Ana Magalhães

c) Cinco representantes de grupos de recrutamento diferentes dos Coordenadores de Departamento Curricular:

• Dr. Ricardo Vieira

• Dr.ª Cristina Valadares

• Dr.ª Helena Fernandes 

• Dr.ª Maria de Fátima Mesquita

• Dr.ª Ana Paula Almeida 

d) Um Representante do Educação Especial:

• Dr.ª Leonor Nobre

e) Coordenadora dos Diretores de Turma:

• Dr.ª Maria João Dinis

f) Um Coordenador do Conselho de Orientadores de Estágio:

• Dr.ª Marta Esteves

g) Um responsável pelo Serviço de Psicologia e Orientação Vocacional:

• Dr.ª Fátima Cosme

h) Um Professor Bibliotecário:

• Dr. Paulo Santiago

i) Um Professor Coordenador dos Cursos Profissionais:

• Dr. Artur Costa

j) Um Professor Coordenador dos Projetos:

• Dr.ª Maria Emília Nave

A Direção da Escola assenta no articulado do Decreto-Lei n.º 75/2008, responsável pela criação do cargo de Diretor, coadjuvado por um Subdiretor e dois Adjuntos, constituindo um órgão unipessoal e não um órgão colegial.

O Diretor é o órgão de administração e gestão da Escola, nas vertentes administrativa,
financeira, patrimonial, cultural e pedagógica. 

A constituição da equipa da Direção da Escola Secundária José Falcão é a que se segue:

Diretora: Dr.ª Isabel Achando Amoroso Lopes

Subdiretor: Dr. José Dias

Adjunto: Dr. Fernando Caldeira

Adjunta: Dr.ª Amélia Mendes

Assessora: Drª Teresa Nicolau