A Direção da Escola assenta no articulado do Decreto-Lei n.º 75/2008, responsável pela criação do cargo de Diretor, coadjuvado por um Subdiretor e dois Adjuntos, constituindo um órgão unipessoal e não um órgão colegial.
O Diretor é o órgão de administração e gestão da Escola, nas vertentes administrativa,
financeira, patrimonial, cultural e pedagógica.
A constituição da equipa da Direção da Escola Secundária José Falcão é a que se segue:
Diretora: Dr.ª Isabel Achando Amoroso Lopes
Subdiretor: Dr.José Dias
Adjunta: Dr.ª Fátima Marques
Adjunto: Eng.º José Carlos Batista
Assessora: Dr.ª Janete Ferreira